Действие «Наруто: Последний фильм» происходит через два года после событий Четвертой Мировой Войны Шиноби. Маленькая сестра Хинаты — девушки, в которую влюблён Наруто, — похищена инопланетным злодеем, вдобавок желающим уничтожить Землю. Сможет ли легендарный ниндзя победить самого мощного врага, если перед битвой потеряет свои суперспособности? Полюбившиеся поклонникам саги персонажи во главе с Наруто вновь объединяют свои силы и отправляются на опасную миссию по спасению возлюбленной главного героя.